Поступило из налогового органа требование с пояснениями и предоставлением раздельного учета сумм НДС по приобретенным товарам, так как у ИП ПСН и ОСНО. По 90 счету раздельный учет, а по 41 и 19 счетам не ведется.

Вам нужно вести раздельный учет и по расходам. 

Согласно, ст. 272 НК РФ расходы, которые относятся ко всем видам деятельности, распределяются пропорционально доходу от соответствующего налогового режима в общем объеме доходов.

При отсутствии раздельного учета индивидуальные предприниматели, совмещающие ПСНО и ОСНО, могут лишиться части вычета "входного" НДС (п. 4 ст. 170 НК РФ).

Документы: 

Готовое решение: Раздельный учет "входного" НДС, 

Готовое решение: Методика ведения раздельного учета по НДС в учетной политике, 

Статья: Совмещение ПСНО и ОСНО: поговорим об НДС (Зайцева С.Н.) ("Актуальные вопросы бухгалтерского учета и налогообложения", 2022, N 5), 

Готовое решение: Как вести раздельный учет "входного" НДС при совмещении облагаемых и необлагаемых операций